Rada Centrum jako ciało doradcze i opiniotwórcze wypowiada się w sprawach określania proponowanych zadań badawczych służących realizacji strategicznych programów badań naukowych i rozwojowych, warunków konkursów na wykonanie prac badawczych oraz innych zadań wynikających z przepisów ustawy. Posiada decydujący głos w zakresie ustanawiania składu zespołów ekspertów i rozporządzania majątkiem Centrum. Na etapie projektu opiniuje również roczny plan finansowy, plan działalności Centrum oraz sprawozdania Dyrektora nt. działalności Centrum.

W skład Rady wchodzi 30 osób, w tym: dziesięciu członków wskazanych przez środowiska naukowe, dziesięciu wskazanych przez środowiska społeczno-gospodarcze i finansowe oraz dziesięciu przedstawicieli administracji państwowej. Kadencja Rady trwa 4 lata, przy czym co 2 lata następuje wymiana połowy jej składu.