NCBR jest instytucją pośredniczącą w przekazywaniu funduszy w ramach trzech programów operacyjnych w Perspektywie Finansowej na lata 2014-2020, tj.: Programu Inteligentny Rozwój, Programu (PO IR), Programu Wiedza Edukacja Rozwój (PO WER) oraz Programu Polska Cyfrowa (PO PC). Zadania Narodowego Centrum Badań i Rozwoju  obejmują przede wszystkim obowiązek sprawnego wypłacania i rozliczania przyznanych środków finansowych, a także zapewnienie merytorycznego wsparcia dla beneficjentów realizujących projekty z funduszy UE. Poprzez swoje działania NCBR łączy środowiska biznesu i nauki, co przekłada się na wzrost innowacyjności całej gospodarki.

Program Operacyjny  Inteligentny Rozwój to największy w Unii Europejskiej program na rzecz rozwoju badań i tworzenia innowacji. Dzięki niemu dofinansowanie m.in. na  wspólne prowadzenie przedsięwzięć badawczo-rozwojowych uzyskują naukowcy i przedsiębiorcy, a wyniki prac B+R znajdują praktyczne zastosowanie w gospodarce. „Od pomysłu do przemysłu” - to główne założenie tego programu. Oznacza ono wsparcie powstawania innowacji: od tworzenia koncepcji nowatorskich produktów, usług lub technologii, przez przygotowanie prototypów/linii pilotażowych aż po ich komercjalizację.

Z kolei celem Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój jest poprawa polityki i działań publicznych na rzecz rynku pracy, edukacji i całej gospodarki; zwłaszcza wzmocnienie szkolnictwa wyższego ukierunkowanego na potrzeby rozwoju, promocja innowacji społecznych i współpracy ponadnarodowej.

Trzecie z przedsięwzięć - Program Polska Cyfrowa - ma za zadanie wspierać poszerzenie dostępności do Internetu, stworzenie przyjaznej dla obywatela e-administracji, która umożliwi załatwianie wielu spraw za pośrednictwem komputera oraz upowszechnienie w społeczeństwie wiedzy i umiejętności korzystania z komputerów.