Wnioskodawcy, w przypadku negatywnej oceny jego projektu, przysługuje prawo wniesienia protestu w celu ponownego sprawdzenia złożonego wniosku w zakresie spełniania kryteriów wyboru projektów. W przypadku gdy kwota przeznaczona na dofinansowanie projektów w konkursie nie wystarcza na wybranie projektu do dofinansowania, okoliczność ta nie może stanowić wyłącznej przesłanki wniesienia protestu.

Określenie sposobu postępowania w zakresie rozpatrywania protestów od negatywnej oceny projektów reguluje ustawa z 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020. Do procedury odwoławczej nie stosuje się przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego, z wyjątkiem przepisów dotyczących wyłączenia pracowników organu, doręczeń i sposobu obliczania terminów.

Protest wnosi się bezpośrednio do Instytucji Pośredniczącej w terminie 14 dni od doręczenia informacji o negatywnej ocenie wniosku w wersji papierowej. Protest jest wnoszony w formie pisemnej. Protest wnoszony jest w języku polskim. W odniesieniu do zarzutów w zakresie kryteriów merytorycznych protest wnoszony jest również w angielskiej wersji językowej, z zastrzeżeniem, że Wnioskodawca składający protest zapewni, że treść obu wersji językowych jest tożsama, co zobowiązany jest poświadczyć stosownym oświadczeniem.

Protest jest rozpatrywany w terminie nie dłuższym niż 30 dni, licząc od dnia jego otrzymania. W uzasadnionych przypadkach, w szczególności gdy w trakcie rozpatrywania protestu konieczne jest skorzystanie z pomocy ekspertów, termin rozpatrzenia protestu może być przedłużony, o czym IP informuje na piśmie Wnioskodawcę.